Реформы XVII века. Включение в состав одного государства районов с различным политическим устройством при общей слабости межрегиональных экономических связей неизбежно привело к росту сепаратистских настроений. Это ярко проявилось после смерти в 1582 г. Шигай хана, когда четыре года продолжались смута и споры за право обладания верховной властью между западно-казахскими биями-едигеидами и султанами-чингизидами. Во внутриполитической борьбе одержали победу султаны, во главе с Тауекелем, однако ему пришлось пойти на ряд уступок общинной знати.
Преемнику Тауекеля - Есиму пришлось выдержать еще более тяжелую внутриполитическую борьбу, итогом которой было коренное реформирование политической системы Казахского государства. Суть ее заключалась в том, что главенство закрытой элиты - торе заменялось на главенство элиты открытого типа - биев и старшин. Произошла своего рода бийская революция, ограничившая политические права сословия чингизидов и установившая широкие права для общин и их руководителей.
Юридически эти изменения были закреплены в своеобразной конституции - "Eciм ханнын ескi жолы", принятой как дополнение к кодексу Касым хана. В этом правовом акте определялись полномочия хана, биев и батыров, а также их взаимные обязанности и права.
По-прежнему высшей законодательной властью продолжал оставаться Маслихат. В состав его входили все представители казахских общин и лишь наиболее влиятельные султаны. Каждое заседание Маслихата проходило при огромном стечении народа, поэтому источники иногда называют их народным собранием, что не совсем верно. Маслихат собирался раз в год, преимущественно осенью в Улытау, Туркестане или под Ташкентом. В компетенции Маслихата было принятие наиболее важных решений о войне и мире, о распределении пастбищ и водопоев, о выборах хана.
Полномочия ханов в результате реформ начала XVII в. были существенно урезаны. Он продолжал оставаться верховным главнокомандующим и верховным судьей, однако лишался ряда прав. Так, заключать мир, объявлять войну и направлять посольства он мог лишь с согласия Маслихата. Также хан был лишен права выносить смертный приговор.
Ослабление роли хана в политической системе привело к изменению принципа выбора хана. Хотя официально принцип меритократии оставался в силе, фактически казахи перешли к наследованию ханского звания вплоть до начала XVIII в.
В связи с изменением административного устройства хан потерял право распоряжения всей территорией ханства, которое перешло к биям.
Вместо улусной системы в начале XVII в. была введена жузовая организация, когда все казахские земли были разделены между тремя хозяйственно-территориальными объединениями - жузами. Во главе жузов стояли бии, руководители наиболее сильных и многочисленных групп общин. По существу вся власть находилась в руках жузовых биев. Они же формировали и Совет Биев, ограничивавший власть хана. Власть биев держалась исключительно на личном авторитете и хан, зависевший от них, никак не мог влиять на выдвижение того или иного бия.
Султаны, практически полностью отстраненные от управления государством и даже лишенные возможности участвовать в предвыборной борьбе за ханское место, должны были довольствоваться лишь сословными привилегиями - неподсудностью биям и освобождением от всех повинностей, кроме воинской.
В XVII в. была определена и постоянная столица Казахского ханства - г. Туркестан, где хан находился в зимнее время.