Образование Монгольской империи в начале XIII в. оказало огромное влияние на исторические судьбы народов и государств Центральной и Средней Азии, Казахстана и Восточной Европы. Монгольское завоевание нарушило сложившиеся в евразийском регионе отношения и взаимосвязи населявших его племен и народов, изменило ход их этнополитического хозяйственно-культурного развития.
Монгольские племена к середине XII в. продвинулись на запад с Орхона и Керулена, оттеснив с территории Монгольского Алтая и верховьев Иртыша найманов и кыпчаков, ассимилируя тюркоязычные группы, заимствуя у тюрков многие элементы материальной культуры, формы хозяйства и быта, кочевые обычаи, породы скота. С этого времени установились границы размещения тюрков и монголов, сохранившиеся до позднего времени. Занятая монголами территория простиралась от Байкала, верховьев Иртыша и Енисея на севере до пустыни Гоби на юге.
К 1218-1219 гг. монголы подчинили многие народы соседних стран. Были захвачены земли енисейских киргизов и бурят, пало государство тангутов, добровольно принял монгольское подданство владетель Уйгурского Турфанского княжества. После разгрома войск Циньской империи монголы заняли Северный Китай. Следующей задачей Чингисхана было завоевание западных стран – Средней Азии и Ирана, Ближнего Востока и Закавказья, Восточной Европы. Еще не завоеванные земли к западу от Иртыша, Аральского моря и Амударьи Чингисхан отдал в улус (удел) своему старшему сыну Джучи и его потомкам.
Семиречье было занято монголами без сопротивления. Еще в 1210-1211 гг. под власть Чингисхана перешел владетель карлукской области Арслан-хан. В 1217 г. карлукский правитель области Алмалык Бузар также стал вассалом монгольского хана, а в следующем году без боя сдался монгольскому полководцу Джебе и город Баласагун.
Населения Семиречья в итоге восьмилетнего владычества найманского предводителя Кучлука, его войн с хорезмшахом Мухаммадом и карлукскими владетелями было вконец разорено. Вызывали возмущение и гонения Кучлука на мусульман, в частности запрет публичных богослужений, поэтому проявлявших веротерпимость монголов население встречало как избавителей. Желая привлечь народ Семиречья на свою сторону, Чигисхан запретил грабежи и резню в этом крае. Кучлук бежал в Среднюю Азию, а впоследствии был настигнут монголами в Бадахшане и убит.
Захват Восточного Туркестана и Семиречья открыл путь в Среднюю Азию через Южный Казахстан. С целью выяснения обстановки в Мавераннахре Чингисхан сначала направил хорезм шаху Мухаммаду послание с извещением о своих победах в Северном Китае и покорении “страны тюрков” и предложением мирного договора. Это была дипломатическая подготовка будущего военного похода. Поводом для вторжения во владения хорезмшаха послужила гибель в Отраре летом 1218 г. торгового каравана, посланного Чингисханом. Купцы были убиты по приказу наместника хорезмшаха в Отраре Гайир-хана Иналчука, заподозрившего их в шпионаже. Поход войск Чингисхана начался в сентябре 1219 г. Монгольские войска шли с Иртыша через Семиречье. Они насчитывали до 150 тыс. человек, из них собственно монголов – 111 тыс., остальную часть армии составляли воины вассалов Чингисхана - уйгуров и карлуков.
Маршрут движения монгольских войск в Мавераннахр в 1219 г. пролегал через самые заселенные и освоенные в хозяйственном отношении районы Казахстана – через Семиречье в район городов Средней и Нижней Сырдарьи. Территория Южного Казахстана оказалось первой на пути движения монгольских войск на запад, где им был дан решительный отпор местным населением и где они применили методы массового террора и насилия, опустошения целых областей и разрушения городов. В арабских и персидских источниках приведены наименования почти трех десятков городов в разных странах, где население почти полностью было вырезано монголами. В их числе три южноказахстанских города – Отрар, Сыгнак, Ашнас.
Правитель Отрара Гайир-хан с помощью 80 – тысячного войска сумел 5 месяцев держать оборону города. Лишь после того, как один из военачальников гарнизона Караджа – хаджиб сдался монголам, покинув крепость через ворота Суфи – хана, вражеское войско вошло ночью в город. Еще месяц Гайир-хан оборонялся в цитадели, защищая ее до последнего воина. Он был взят в плен и казнен, а все жители – по Джувейни – были изгнаны из города как “стадо баранов” и убиты, а те, что “избежали меча”, уведены в плен.
Семь дней обороняли свой город и жители Сыгнака, отказавшиеся сдаться монголам. После взятия города население также было уничтожено. Та же участь постигла и жителей Ашнаса. Разграблены были г. Дженд, Барчынлыгкент, Узгенд. Плано Карпини, проследовавший через Южный и Юго - Восточный Казахстан в 1245 – 1247 гг., отметил, что в этой земле, т.е. в низовьях Сырдарьи, он увидел “бесчисленные истребленные города, разрушенные крепости и много опустошенных селений”. Вместе с городами уничтожались ирригационные системы, вытаптывались посевы, гибли окрестные земледельческие оазисы. Многие жители земледельческих оазисов на Сырдарье погибли, другие попали в плен, третьи бежали, рассеявшись в разные стороны. Обезлюдели целые районы, в том числе и кочевые.
К весне 1221 г. завоевание Средней Азии монголами было завершено. Военные действия их перешли на территорию Ирана, Афганистана, Северной Индии. Корпус монгольских полководцев Джебе и Субэдэя, разбив аланов, кыпчаков и русских на р. Калке и разорив южные окраины русских земель, через земли Казахстана вернулся в 1224 г. в орду Чингисхана на Иртыш. Таким образом, в результате нашествия монголов 1219-1224 гг. Казахстан вошел в состав империи Чингисхана. Кочевые племена Казахстана оказались в составе монгольских улусов отнюдь не без сопротивления. “Туши (Джучи) и Чагатай, - сообщает Джузджани в “Насировых разрядах”, - управившись с делами Хорезмскими, обратились на Кыпчак и Туркестан, покорили и заполонили одно за другим войска и племена кыпчакские и подчинили все эти племена своей власти”. Местная кочевая знать (кыпчакская и огузская) поступила на службу к монголам, а рядовые кочевники были использованы для формирования новых сотен, тысяч, туменов, раздававшихся в феодальные держания Чингизидам. Кыпчаки и другие тюркские племена составили значительную часть монгольской армии, двинувшейся во главе с Бату в 1237 г. на покорение Восточной Европы.
Территория Казахстана вошла в состав трех монгольских улусов: большая (степная) часть - в состав улуса Джучи, Южный и Юго - Восточный Казахстан - в улус Чагатая, северо-восточная часть Семиречья - в улус Угэдэя. Улус Джучи занимал обширные земли к западу от Иртыша и охватывал северную часть Семиречья и весь Восточный Дешт-и Кыпчак до Нижнего Поволжья включительно. Улус Чагатая помимо названных земель включал в себя Восточный Туркестан и Мавераннахр. Угэдэй владел Западной Монголией, районами Верхнего Иртыша и Тарбагатая. Чингизиды стремились превратить свои улусы в независимые владения. После смерти Чингисхана, последовавшей в 1227 г., эта тенденция стала нарастать, и империя распалась на несколько независимых государств.
Преемником Джучи, умершего в том же году, стал его сын Бату (Батый). Им были предприняты завоевательные походы на территорию Западного Дешт-и Кыпчака, в земли волжских булгар и далее на запад. Были разгромлены крупнейшие русские княжества, опустошены Польша, Венгрия, Чехия и другие страны. В итоге семилетнего похода (1236 - 1242 гг.) под властью Батыя оказались земли к западу от Волги до низовий Дуная, включая Крым, Северный Кавказ, западно-кыпчакские (половецкие) степи. Вернувшись в низовья Волги, Батый основал новое монгольское государство, получившее в последствии название Золотая Орда. В него вошли территория улуса Джучи - Восточный Дешт-и Кыпчак, т. е. Степные районы Казахстана к западу от верховий Оби и Иртыша, до низовий Волги и Амударьи, часть территории Хорезма и Западной Сибири, а также вновь завоеванные земли на западе. В вассальную зависимость от Золотой Орды попали разгромленные полчищами Батыя русские княжества. Русские князья признавали зависимость от Золотой Орды, получали из рук ее ханов “ярлыки на княжение”, выплачивали дань, но сохраняли относительную самостоятельность.
Основанное Бату-ханом государство называлось в восточных источниках Улусом Джучи, а также по именам ханов-джучидов (Улус Бату, Улус Берке и т. д.). В русских летописях применялся термин “Орда” или описательные выражения “в татары”, “из татар”. Столицей был г. Сарай-Бату (близ Астрахани), позднее - г. Сарай-Берке. Золотая Орда была многонациональным государственным образованием. Она включала в себя множество племен и народностей, различавшихся между собой по уровню общественно-экономического развития, обладавших своеобразной культурой и обычаями. Основную массу кочевников в степях Дешт-и Кыпчака составляли тюркские племена, главным образом кыпчаки, а также канглы, карлуки, найманы и многие др. В оседлых областях Золотой Орды жили булгары, мордва, русские, греки, черкесы, хорезмийцы и т. д. Собственно монголы составляли в ней незначительное меньшинство. К рубежу XIII-XIV вв. и тем более в XIV в. монголы фактически тюркизировались, население Золотой Орды стало называться этнонимом “татары”.
Государственное устройство Золотой Орды следовало образцу, введенному Чингисханом. Государство считалось собственностью ханского рода Джучидов. Для решения важных государственных дел созывался курылтай - общее собрание знати во главе с членами правящей династии. Армией, дипломатическими сношениями с другими государствами ведал беклербек. Во главе дивана, центрального органа исполнительной власти, ведавшего финансами, налогами, внутренней жизнью государства, стоял везир. В города и подчиненные улусы назначались даруги и баскаки, чьей обязанностью был сбор налогов, дани. Наиболее важные должности занимали члены ханской семьи. Крупные нойоны, беки, эмиры, бахадуры являлись военачальниками – темниками, тысячниками, сотниками.
В Золотой Орде сложилась улусная система управления и владения завоеванными землями и народами. Ко времени Бату относится деление Улуса Джучи на две части – правое и левое крыло, фактически на две различные государственные единицы. Во главе правого крыла (улуса) стоял сам Бату и его преемники. Во главе левого крыла – старший сын Джучи Орда (Орда-Ичен). В левое крыло входила большая часть территории Казахстана. Будучи лишь номинальными вассалами потомков Бату, потомки Орды свели эту зависимость к минимуму. Улусы Бату и Орды делились, в свою очередь, на улусы других сыновей Джучи. Все они были полузависимыми правителями, подчинявшимися верховной власти Золотой Орды . Право на уделы (улусы) имели от рождения все члены правящей династии. Прочие представители монгольской аристократии получили уделы как пожалования за службу хану. Постепенно знать приобретала все больше иммунитетных прав (тарханство), феодальные держания стали носить характер сойургала (наследственного земельного пожалования). С другой стороны, в Золотой Орде сохранялась родоплеменное организация кочевников. Развитие улусной системы вызвала постоянные смуты и усобицы.
Первоначально Золотая Орда находилась в подчинении великого монгольского хана. Но к 1260 г. Монгольская империя распалась на фактически независимые улусы. Золотая Орда уже при Берке-хане (1256-1266 гг.), брате Бату, стала самостоятельным государством. Его преемник Менгу-хан (1266-1280 гг.) чеканил собственную монету, поддерживал Чагатайда Хайду против великого хана Хубилая. История Золотой Орды заполнена как внутренними усобицами, так и беспрерывными воинами с русскими князьями, Хулагуидами Ирана в Закавказье, правителями Ак-Орды и Хорезма, отпавшего от Золотой Орды в начале 60-х гг. XIV в. Наибольшего могущества Золотая Орда достигла в 1-й половине XIV в., особенно при Узбек-хане (1312-1342 гг.) и его преемнике хане Джаныбеке (1342-1357 гг.). Усиление власти хана нашло свое выражение в прекращении созыва курултаев и в некоторой централизации власти. В 1312 г. Узбек-хан объявил ислам государственной религией Золотой Орды. Степная тюрко-монгольская культура исламизировалась под воздействием мусульманских традиций Поволжья (булгарское население) и Средней Азии (Хорезм).
Со второй половины XIV в. Золотую Орду начали ослаблять центробежные силы. С 1357 по 1380 гг. на золотоордынском троне сменились два с половиной десятка ханов. В 1380 г. фактический правитель Золотой Орды темник Мамай был разбит на Куликовом поле русскими войсками под предводительством Дмитрия Донского. Джучид Токтамыш-хан, воспользовавшись поражением Мамая, захватил власть Золотой Орде. Пытаясь военными победами укрепить свою власть, он 1382 г. сжег Москву, совершил ряд походов в Мавераннахр и Закавказье. В свою очередь, эмир Тимур предпринял нескольких опустошительных набегов в Золотую Орду, нанеся ей удар, от которого она уже не смогла отправиться. К середине XV в нескольких больших улусах утвердились свои ханы, и Золатая Орда перестала существовать. Самым крупным из этих улусов была Большая Орда (образовалась в 30-х гг. XV в.), между Волгой и Днепром. В 20 – 60-х гг. образовались Сибирское ханство, Ногайская Орда, Казанское ханство, Крымское и Астраханское ханства.